Aleje Jerozolimskie to jeden z głównych ciągów komunikacyjnych miasta, szczególnie jeśli chodzi o komunikację miejską. Według stanu na koniec 2008 roku Alejami kursowało 7 linii tramwajowych oraz 69 linii autobusowych. Historia całej komunikacji miejskiej jest także związana z Alejami i zaczyna się w 1866 roku.
Z Alejami Jerozolimskimi (a właściwie jeszcze ulicą Jerozolimską) związana jest nieodłącznie pierwsza w ogóle w Warszawie linia komunikacji miejskiej - był to tramwaj konny łączący położony przy ulicy Jerozolimskiej róg Marszałkowskiej Dworzec Wiedeński z Dworcem Petersburskim. Miało to miejsce w grudniu 1866 roku. Od tego momentu nastąpił stały rozwój sieci tramwajowej, choć Aleje Jerozolimskie nie były jednym z głównych ciągów komunikacyjnych. W 1920 roku wzdłuż Alej kursowało 5 linii tramwajowych:
- 8 z Powązek na plac Zawiszy odcinkiem od Marszałkowskiej na zachód.
- 11 z Bema na pl. Trzech Krzyży odcinkiem od Marszałkowskiej do Nowego Światu.
- 18 ze Stalowej na pl. Unii Lubelskiej odcinkiem od Nowego Światu do Marszałkowskiej.
- 19 z Gęsiej (róg Smoczej) na Puławską (róg Dolnej) odcinkiem od Nowego Światu do Marszałkowskiej.
- P z Powiśla (rejon ul. Dobrej przez Nowe Miasto, Grzybów i Śródmieście Południowe z powrotem na Powiśle, odcinkiem od Marszałkowskiej do Nowego Światu.
Rozwój sieci tramwajowej w okresie międzywojennym, m.in. budowa linii na Ochotę wzdłuż Grójeckiej czy nowego torowiska na Żelaznej, wpłynął na znaczący wzrost linii tramwajowych w Alejach Jerozolimskich. Wg stanu z sierpnia 1939 roku Alejami kursowało 21 linii tramwajowych (w tym dwie służbowe nocne) oraz 3 linie autobusowe:
- 6 z Opaczewskiej na Cmentarz Bródnowski odcinkiem od placu Zawiszy do Żelaznej.
- 7 z Opaczewskiej na Radzymińską, linia kursowała całymi ówczesnymi Alejami.
- 10 (nocna) z Radzymińska na plac Narutowicza odcinkiem od Nowego Światu do Marszałkowskiej.
- 11 z Bema na plac Zbawiciela odcinkiem od Żelaznej do Marszałkowskiej
- 12 z Odrowąża na Służew odcinkiem od Mostu Poniatowskiego do Marszałkowskiej.
- 18 ze Stalowej na pl. Unii Lubelskiej odcinkiem od Nowego Światu do Marszałkowskiej.
- 24 z placu Starynkiewicza na Gocławek odcinkiem od placu do Mostu Poniatowskiego.
- 24 (szczytowa) z placu Trzech Krzyży na Gocławek odcinkiem od Nowego Światu do Mostu Poniatowskiego.
- 25 z Placu Narutowicza na Kawęczyńską-Bazylika odcinkiem od Marszałkowskiej na zachód.
- 27 z Potockiej na Plac Narutowicza odcinkiem od Marszałkowskiej do Chałubińskiego.
- 60 (nocna) z placu Teatralnego na Gocławek odcinkiem od Nowego Światu do Mostu Poniatowskiego.
- 70 (nocna) z Dworca Głównego na Gocławek odcinkiem od Marszałkowskiej do Mostu Poniatowskiego.
- A (autobusowa) z placu Teatralnego na plac Unii Lubelskiej, odcinkiem od Brackiej do Kruczej.
- K (autobusowa) z Nowego Światu na plac Szembeka, odcinkiem od Nowego Światu na wschód.
- M z alei Zielenieckiej przez Most Kierbedzia i Most Poniatowskiego z powrotem na aleję Zieleniecką, kursowała odcinkami od Marszałkowskiej do Chałubińskiego oraz od Nowego Światu do Mostu Poniatowskiego.
- O z Gęsiej, róg Dzikiej, przez Muranów i Śródmieście Północne z powrotem na Gęsią, kursowała odcinkiem od Żelaznej do Nowego Światu.
- P z Powiśla (rejon ul. Dobrej przez Nowe Miasto, Grzybów i Śródmieście Południowe z powrotem na Powiśle, odcinkiem od Marszałkowskiej do Nowego Światu.
- S z Nowego Światu na Wersalską na Saskiej Kępie, odcinkiem od Nowego Światu na wschód.
- T z placu Teatralnego dookoła centrum z powrotem na Plac Teatralny, odcinkiem od placu Zawiszy do Marszałkowskiej.
- W (podmiejska) z placu Starynkiewicza do Wilanowa odcinkiem od placu do Nowego Światu.
- W-extra (nocna) z placu Unii Lubelskiej do Wilanowa, odcinkiem od Nowego Światu do Marszałkowskiej.
- Z z Powiśla przez Muranów, Wolę i Śródmieście Południowe z powrotem na Powiśle, odcinkiem od placu Zawiszy do Chałubińskiego.
Podczas II wojny światowej komunikacja miejska dalej funkcjonowała, nie licząc przerwy podczas kampanii wrześniowej, ustała dopiero w dniu wybuchu powstania warszawskiego. Walki doprowadzają do niemal całkowitego zniszczenia infrastruktury, w szczególności tramwajowej, oraz taboru. W 1945 roku rozpoczęto odgruzowywanie ulic i stopniowe przywracanie ruchu komunikacji miejskiej. Pierwszą powojenną linią puszczoną Alejami Jerozolimskimi była linia W:
- W z Młynarskiej na Kawęczyńską, w okolice zajezdni tramwajowej, kursowała odcinkiem Alej od placu Zawiszy do Brackiej.
Tą linię uruchomiono 23 kwietnia 1945 (dwa dni po pierwszej linii M), ale tą trasą zaczęła kursować 2 czerwca. W dodatku była to linia przeznaczona jedynie dla pracowników niektórych instytucji i tylko za okazaniem stosownej legitymacji. 15 lipca 1945 roku uruchomiono pierwszą ogólnodostępną linię autobusową D:
- D z placu Zawiszy na Dworzec Wileński, odcinkiem od placu Zawiszy do Brackiej.
Była to pierwsza ogólnodostępna linia komunikacji miejskiej, dopiero pięć dni później (20 lipca) na trasy wyruszyły pierwsze linie tramwajowe 1, 3 i 4 na Pradze. Ze względu na fatalny stan i zbytnie użytkowanie taboru autobusowego, de facto odpowiednio przystosowanych ciężarówek, linie autobusowe często był zawieszane bądź ograniczano ich funkcjonowanie. Pierwsza linia tramwajowa na Alejach Jerozolimskich pojawiła się 15 września 1945 roku i była to linia 8:
- 8 z Opaczewskiej na plac Starynkiewicza.
Do końca 1945 roku odbudowano odcinek od placu Zawiszy do Marszałkowskiej, dzięki czemu można było już wówczas na tym odcinku poruszać się trzema liniami tramwajowymi: 9, 10 i 11. Z autobusów tymczasowo całkowicie zrezygnowano, pierwszą z nich, L, przywrócono do ruchu 15 stycznia 1946 roku z pętlą przy Hotelu Polonia. 22 lipca 1946 roku oddano do użytku odbudowany Most Poniatowskiego wraz z odbudowaną linią tramwajową o nowym rozstawie torów (1435 mm) w przeciwieństwie do przedwojennych (1525 mm). Nową trasą pojechały linie 24 i 25, wkrótce także 23. Do końca roku uruchomiono także linię autobusową M. 22 sierpnia 1947 roku rozpoczęto przekuwanie torów w Alejach Jerozolimskich, co zakończono 10 września. Pod koniec 1947 roku Alejami Jerozolimskimi kursowały linie tramwajowe 8, 9, 10, 23, 24 i 25 oraz autobusowe D, E, M, O, P, U oraz Z.
Wraz z dalszym rozwojem linii komunikacyjnych w Alejach pojawiały się coraz to nowe linie, 14 listopada rozpoczęto stosowanie nowych oznaczeń autobusów typu 1xx, co wniosło zmianę linii D na 101, która pojechała z Dworca Głównego na Towarowej na Dworzec Wschodni. Z czasem miasto rozwijało się coraz bardziej, za czym idzie zwiększona liczba linii tramwajowych i autobusowych, przykładowo pod koniec 1960 roku Alejami Jerozolimskimi kursowało 16 linii tramwajowych oraz 12 autobusowych. Rewolucyjne zmiany przyniosły jednak dopiero lata 70. XX wieku, a szczególnie pierwsza połowa. Do 1973 roku ukończono Aleje Jerozolimskie na zachód od placu Zawiszy, a pierwszą linią, która pomknęła nowym odcinkiem była linia 173. Natomiast w latach 1972-1975 wybudowano Dworzec Centralny, a w 1970 rondo Dmowskiego - wiązało się to z dużą liczbą objazdów i zmian komunikacyjnych. Po zakończeniu tych inwestycji, na koniec 1975 roku, Alejami kursowało 7 linii tramwajowych oraz 34 linie autobusowe (w tym 9 nocnych):
- 5 z Bielan-AWF na Wiatraczną,
- 7 z Okęcia na Kawęczyńską-Bazylika,
- 8 z Banacha na Wiatraczną,
- 9 z Okęcia na Gocławek,
- 22 z Piasków na Wiatraczną,
- 24 z Koła na Gocławek,
- 25 z Banacha na Annopol,
- 102 z Emilii Plater na Osiedle Młodych,
- 111 z Esperanto na Zwycięzców,
- 117 z Afrykańskiej na Wołoską,
- 128 z Rakowca na Mariensztat,
- 130 z Dworca Głównego na Piaseczyńską,
- 136 z Emilii Plater na Bokserską,
- 157 z Gwiaździstej na Rakowiec,
- 158 z Emilii Plater na Zamieniecką,
- 166 z Młynowa na Torwar,
- 173 z placu Zawiszy na Cienistą,
- 175 z placu Piłsudskiego na lotnisko,
- 180-bis z Dworca Centralnego na Sadybę,
- 183 z placu Zawiszy na Chełmską,
- 187 z Dworca Zachodniego na Stegny-Batumi,
- 357 z placu Wilsona na Rakowiec,
- 366 z Młynowa na plac Trzech Krzyży,
- 373 z Placu Narutowicza na PKP Włochy,
- 402 z Emilii Plater na Osiedle Młodych,
- 491 z Zajezdni Kleszczowa na plac Trzech Krzyży,
- C ze Szczęśliwic do Falenicy,
- C-bis z Dworca Centralnego na PKP Radość,
- D z placu Leńskiego na Bokserską,
- H z Okęcia na Dąbrówkę Szlachecką,
- H-bis z Okęcia na Żerań-FSO,
- M z Dworca Centralnego na Bródno-Ugory,
Trzeba zauważyć, że wszystkie linie tramwajowe poruszały się ciągle prosto całymi Alejami - związane jest to z likwidację skrętów dla tramwajów podczas przebudowy skrzyżowań Alei Jerozolimskich z Marszałkowską i Chałubińskiego. Ta sytuacja zachowała się do dzisiaj, pomimo kilkukrotnie urządzanych objazdów w związku m.in. z remontem Mostu Poniatowskiego (1985-1989) czy wymiany torowiska w całych Alejach (2007). Stan komunikacji miejskiej na dzień 17 kwietnia 2018 prezentuje się następująco - kursowało wówczas 6 linii tramwajowych oraz 55 linii autobusowych (w tym 23 nocne):
- 7 z Okęcia na Kawęczyńską-Bazylika, Alejami kursuje od 19 listopada 1962 roku,
- 9 z Okęcia na Gocławek, Alejami kursuje od 1 maja 1996 roku,
- 22 z Piasków na Wiatraczną, Alejami kursuje od 30 czerwca 1968 roku,
- 24 z Nowego Bemowa na Gocławek, Alejami kursuje od 9 sierpnia 1925 roku,
- 25 z Annopola na Banacha, Alejami kursuje od 1 czerwca 1942 roku,
- 111 z Esperanto na Gocław, Alejami kursuje od 4 września 1970 roku,
- 117 z Gocławia na Dworzec Centralny, Alejami kursuje od 14 marca 1949 roku, także wcześniej jako P,
- 127 z Mariensztatu do Nowych Włoch, Alejami kursuje od 1 czerwca 1993 roku,
- 128 z Placu Piłsudskiego na Szczęśliwice, Alejami kursuje od 12 stycznia 1953 roku,
- 131 z Dworca Centralnego na Sadybę, Alejami kursuje od 1 września 1986 roku,
- 154 ze Starego Bemowa na Okęcie, Alejami kursuje od 17 stycznia 1980 roku,
- 157 z Gwiaździstej na Szczęśliwice, Alejami kursuje od 30 czerwca 1968 roku,
- 158 z CH Reduta na Witolin, Alejami kursuje od 24 stycznia 1965 roku, czyli od początku swojego istnienia,
- 171 z Nowego Bemowa na Torwar, Alejami kursuje od 29 sierpnia 1991 roku,
- 172 z CH Blue City na Sadybę, Alejami kursuje od 23 lutego 1991 roku,
- 175 z Placu Piłsudskiego na lotnisko Chopina, Alejami kursuje od 27 kwietnia 1969 roku, czyli od początku swojego istnienia,
- 177 z Ursusa-Ratusz na Okęcie, Alejami kursuje od 1 sierpnia 1996 roku,
- 178 z Konwiktorskiej na PKP Ursus, Alejami kursuje od 29 maja 2004 roku,
- 182 z Dworca Zachodniego na Witolin, Alejami kursuje od 1 marca 2011 roku,
- 187 z Ursusa-Niedźwiadka na Stegny, Alejami kursuje od 23 lipca 1974 roku, czyli od początku swego istnienia,
- 191 z Placu Narutowicza na Regulską, Alejami kursuje od 16 sierpnia 1979 roku, czyli od początku swojego istnienia,
- 208 z Bitwy Warszawskiej 1920 przez ul. Włodarzewską z powrotem na Bitwy Warszawskiej 1920, Alejami kursuje od 1 września 2008 roku, czyli od początku swojego istnienia,
- 227 z Bródna-Podgrodzie na Dworzec Centralny, Alejami kursuje od 2 maja 2012 roku, czyli od początku swojego istnienia,
- 306 z Osmańskiej-DHL w wydłużonych kursach do Ursusa-Ratusz, Alejami kursuje od 7 sierpnia 2014 roku,
- 307 z Ursusa-Sanktuarium na WKD Opacz, Alejami kursuje od 8 lutego 2014 roku,
- 501 z Dworca Centralnego na Stegny, Alejami kursuje od 1 sierpnia 2002 roku, wcześniej także jako 407,
- 504 z Dworca Centralnego na Osiedle Kabaty, Alejami kursuje od 1 października 2007 roku,
- 507 z Dworca Centralnego na Gocław, Alejami kursuje od 1 sierpnia 2006 roku,
- 517 z Targówka na Ursus-Niedźwiadek, Alejami kursuje od 1 lutego 1993 roku, wcześniej także jako T,
- 518 z Dworca Centralnego na Nowodwory, Alejami kursuje od 1 czerwca 2013 roku
- 519 z Dworca Centralnego do Wilanowa, Alejami kursuje od 1 września 1993 roku,
- 521 ze Wiatracznej do Falenicy, Alejami kursuje od 1 października 1993 roku, wcześniej także jako C,
- 522 z Dworca Centralnego na Branickiego, Alejami kursuje od 7 stycznia 2014 roku, wcześniej także jako 422
- 523 ze Starego Bemowa na PKP Olszynka Grochowska, Alejami kursuje od 1 października 1993 roku, wcześniej także jako K,
- 525 z Dworca Centralnego do Międzylesia, Alejami kursuje od 1 września 1995 roku,
- 700 z Dworca Centralnego do Konstancina-Jeziorny (Pańska), Alejami kursuje od 18 maja 2002 roku,
- 717 z Dworca Zachodniego do Piastowa (Ogińskiego), Alejami kursuje od 1 marca 1997 roku,